主角有馬拓也為一個無所事事的高中生,他父親是歷史學家,卻在研究時失蹤,留下他與繼母兩人相依為命。暑假時主角收到父親寄來的包裹,里面有一個羅盤和三顆水晶珠,以及一封寫著「時間是可逆的,歷史是不可逆的」云云以及一些關于平行世界概念的信,并交待主角晚上去當?shù)赜忻牡貥藙χ等ヒ娨粋€人。拓也晚上如約來到劍之岬,發(fā)現(xiàn)自己的繼母亞由美和父親研究夥伴龍藏寺幸三都在場。原本和藹的龍藏寺突然翻臉要有馬把收到的郵包交出來,并拔出槍來威脅他,千鈞一發(fā)之際,一道閃電落下劈在了神社的御神石上,拓也就此暈去。等拓也甦醒過來周圍已經旁無一人,回家睡了一覺后才發(fā)現(xiàn)不對勁。繼母和龍藏寺完全不記得昨晚發(fā)生的事情,此時他才發(fā)現(xiàn)原來父親寄給他的遺物是可以讓人在平行世界自由穿梭的神奇道具,于是他為了找到父親真正的下落展開了一系列調查。